Descubriendo la biomecánica de los complejos SARS-CoV-2/Anticuerpo a través de simulaciones GōMartini

Las simulaciones de dinámica molecular (MD) son una herramienta poderosa para revelar los mecanismos subyacentes que gobiernan la mecanoestabilidad de las proteínas. Una desventaja típica de la representación de todos los átomos (AA) es el uso de velocidades de tracción varios órdenes de magnitud superiores a las empleadas en la espectroscopia de fuerza de molécula única (SMFS). Por el contrario, la representación de grano grueso tiene la ventaja de reducir el costo computacional a costa de perder información sobre la fuerza de interacción en las interfaces de proteínas. El enfoque GōMartini es una herramienta alternativa para sortear esta limitación y, en su implementación reciente, emplea sitios virtuales cerca de las posiciones de los átomos C-alfa en el campo de fuerza de Martini 3. Este enfoque requiere la determinación de un mapa de contactos nativos. En este trabajo, hemos aplicado esta aproximación para estudiar la mecanoestabilidad asociada a la respuesta inmune. Mediante el refinamiento del potencial de interacción entre residuos en la interfaz de los complejos proteicos SARS-CoV-2/Anticuerpo, reproducimos resultados obtenidos mediante MD-AA y los contrastamos con los valores experimentales reportados. El enfoque de GōMartini nos permitió acercarnos a las velocidades experimentales utilizadas en SMFS, preservando al mismo tiempo información crucial sobre la interacción entre residuos. Este método es extremadamente útil para identificar las interacciones responsables de la mecanoestabilidad mejorada en las variantes del SARS-CoV-2, información que puede usarse para desarrollar anticuerpos con mayor afinidad.