Ponente: Dr. Marco Heinen
Procedencia: Universidad de Guanajuato

Resumen:

Porous media can host complex fluids confined to a non-integer (fractal) dimensional con-figuration space. An example of high application relevance is reservoir rock containing oil, water, natural gas, or multiphase mixtures thereof. The fractal structure of the void space of porous media, and the diffusion of single particles through its pores are well-studied problems. However, dense fluid phases of strongly interacting particles in fractal confinement have not yet received the same attention and remain mostly unexplored until today. In recent work we have introduced statistical mechanical methods to compute the equilibrium correlations among dense, disordered phases of mesoscopic particles in fractal confinement. In our Monte Carlo simulations of a fractal lattice liquid, we study the 1.67659-dimensional analogue of the integer-dimensional hard sphere liquid, the most well-studied standard model of liquid state theory. Our simulation results compare well with the predictions of the Percus-Yevick integral equation, analytically continued from integer to non-integer dimension and solved
numerically by a spectral method. In this seminar we will also briefly comment on the expected (non-)existence of phase transitions in fractal confinement, and about an extension to fractal multiphase fluid dynamics, based on lattice gas automata.

Viernes 27 de mayo 2016, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dra. Rosa E. Navarro
Procedencia: Departamento de Biología Celular y Desarrollo, Instituto de Fisiología Celular, Universidad Nacional Autónoma de México

Resumen:

En la naturaleza el nematodo Caenorhabditis elegans está expuesto constantemente a la falta de alimento y cambios de temperatura por lo que es un excelente modelo para estudiar el estrés. Nosotros estamos interesados en estudiar cómo es que las células germinales, en la gónada, responden y se protegen del estrés. En el ayuno, los nematodos adultos entran en un estado de diapausa en el que reducen el tamaño de su gónada por un mecanismo desconocido y su fertilidad. Después del ayuno, regeneran su gónada y tienen hijos. En el laboratorio encontramos que, en respuesta a estrés, los hermafroditas jóvenes responden induciendo apoptosis de las células germinales y formando gránulos de RNA en la gónada. Hemos observamos que la apoptosis que se induce durante el ayuno en la gónada del nematodo no contribuye ni a la reducción ni a la regeneración de la gónada en la diapausa del adulto.
En respuesta al ayuno, se forman dos tipos de gránulos de RNA y proteínas en la gónada del nematodo: un grupo en el centro del sincicio de la gónada y otro en los ovocitos. La proteínas de unión a RNA TIAR-1 y GLA-3 son indispensables para la formación de estos gránulos. Se piensa que los gránulos de RNA son necesarios para la protección de RNA mensajeros del estrés pero nosotros observamos que los gránulos que se forman en el centro de la gónada no son indispensables para proteger a la gónada del estrés. Por lo que ahora nuestros estudios están dirigidos a entender la función de la apoptosis de las células germinales y los gránulos de RNA durante el estrés.

Jueves 19 de Mayo, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dr. Jonathan K. Whitmer
Procedencia: University of Notre Dame

Resumen:

Free energies provide essential information about the properties and
structure of materials, including self-assembled colloidal clusters,
crystals, and folded protein states. Calculations of the free energy are
challenging, particularly when the associated landscape exhibits large,
rapidly varying features. The use of advanced sampling algorithms, in
particular a class known as flat-histogram methods, has permitted accurate
*in
silico* measurements of a wide array of different material and physical
properties. This seminar will present recent developments made by our group
to improve the accuracy and utility of advanced sampling methods, and
discuss how free-energy calculations have been used in our work on
polyelectrolytes, ion-filtration membranes, and liquid-crystalline systems
to answer fundamental questions surrounding phase transitions,
self-assembly, transport, and elastic response.

Viernes 20 de mayo, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dr. Alfonso Rosado
Procedencia: BUAP

Resumen:
En esta charla intentamos dar un panorama del estado actual de nuestra
comprensión de cuales son los entes que son considerados los bloques
fundamentales de la materia y cómo interactúan entre sí. A la luz de
dichos conocimientos haremos algunas consideraciones sobre el origen
del universo.

Viernes 13 de mayo, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dr. Marcelino Arciniega.
Procedencia: Instituto de Fisiología Celular, UNAM.

Resumen:
Proproteinas convertasas (PC) son proteasas altamente especificas requeridas para la modificación proteolítica de muchas proteínas secretadas. La falta de balance en la actividad de estas enzimas es asociada con patologías como cáncer, arterosclerosis, hipercolesterolemia y enfermedades infecciosas. Furin es un famoso miembro de la familia de PC´s debido alta especificidad por substratos polibásicos. En la plática se expondrán varias de las características estructurales de furin que podrían ser la causa de su actividad tan distintiva. Dichas relaciones función-estructura son establecidas con base en estudios de cristalografía de rayos-x y simulaciones de dinámica molecular. El presente estudio es el punto de partida para el desarrollo de nuevas estrategias en la búsqueda de inhibidores.

Jueves 12 de mayo, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dr. Francisco Solis
Procedencia: Arizona State University

Resumen:

Las ecuaciones de campo en electrostática, magnetostática y
electrodinámica se pueden obtener como resultado de la
extremización de funcionales variacionales que aceptan
interpretaciones como energías o acciones. Estas funcionales tienen
también otras aplicaciones prácticas, especialmente cuando poseen
ciertas propiedades especiales. Esta presentación se enfocará a la
aplicación de nuevas funcionales para el campo electrostático que
permiten la implementación de esquemas de tipo Car-Parrinello
para la simulación de sistemas cargados por métodos de dinámica
molecular. Estos métodos permiten la simulación de sistemas con
regiones de distintas propiedades dieléctricas. Otras aplicaciones y
propiedades de estas nuevas funcionales serán también discutidas.

Viernes 06 de Mayo, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dra. Lourdes Massieu.
Procedencia: Instituto de Fisiología Celular UNAM

Resumen.
La glucosa es el principal sustrato energético del cerebro por lo que su aporte continuo a través de la sangre es esencial para su correcto funcionamiento. Toda vez que el suministro de glucosa al cerebro se interrumpe por la oclusión de una arteria ó debido a una dosis excesiva de insulina, existe el riego de daño cerebral. En ciertas condiciones, como el ayuno prolongado, el amamantamiento y la dieta cetogénica, los cuerpos cetónicos, beta-hidroxibutirato (BHB) y acetoacetato, pueden consumirse en el cerebro y proveer energía metabólica a través de su metabolismo por el ciclo de los ácidos tricarboxílicos. En nuestro grupo hemos investigado el papel protector de los cuerpos cetónicos, en particular del BHB, en contra del daño inducido por la privación de glucosa en neuronas en cultivo y por la hipoglucemia severa en modelos in vivo. En estas condiciones hemos observado que la privación de glucosa da lugar al declinamiento de los niveles de ATP y al aumento de las especies reactivas del oxígeno (ROS), mientras que en presencia de BHB éstos dos procesos se contrarrestan. Por otra parte, privación de glucosa desata la respuesta a proteínas mal plegadas (UPR) e induce estrés del retículo endoplásmico (ERS), el cual contribuye a la muerte apoptótica de las neuronas. La autofagia, es un proceso catabólico lisosomal desatado durante la ausencia de nutrientes en muchos tipos celulares, capaz de proveer aminoácidos y otros metabolitos a través de la degradación lisosomal de proteínas y organelos dañados. Resultados recientes de nuestro grupo sugieren que la autofagia se desata como una respuesta de sobrevivencia ante la privación de glucosa en neuronas corticales cultivadas, pero que al ocurrir de manera aberrante debido al daño lisosomal, contribuye a la muerte apoptótica. El BHB es capaz de estimular el flujo autofágico y este mecanismo está relacionado por lo menos en parte con su efecto protector. Experimentos en curso están destinados a investigar la posible relación entre el ERS y la autofagia.

Jueves 5 de Mayo, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Gehenna L Guerrero Serrano
Procedencia: Instituto de Física, UASLP

Resumen
Aunque en Archaea existe únicamente una proteína Gpn, en organismos eucariontes existen tres proteínas Gpn: Gpn1, Gpn2 y Gpn3 que, debido a la similitud en su secuencia de aminoácidos, se propone derivaron de un ancestro común por duplicación génica. Los tres miembros de la subfamilia de GTPasas Gpn se encuentran presentes en todas las células eucariotas. Las tres GTPasas Gpn son esenciales para la vida en todos los organismos modelo en los que se ha estudiado este aspecto, incluyendo a la levadura Saccharomyces cerevisae, el gusano de tierra Caenorhabditis elegans y el ratón mus musculus. Aún se desconoce con precisión cual es la función molecular de Gpn1, pero se sabe que es una proteína que se requiere para la localización nuclear de la RNAPII, la enzima responsable de sintetizar todos los RNAs mensajeros en las células eucariotas. El mayor impedimento que ha surgido para estudiar vías moleculares en la célula que sean controladas por Gpn1 se debe a que las versiones mutantes de Gpn1 provocan siempre una pérdida en la localización nuclear de la RNAPII, lo que conlleva a un desplome de la transcripción, un mal funcionamiento y a la muerte celular. Esto ha dificultado en gran medida determinar la función principal de esta GTPasa. En el laboratorio empleamos a la levadura del pan Saccharomyces cerevisae para estudiar la función celular de Gpn1. Utilizando diversas herramientas moleculares logramos establecer un sistema que nos permite estudiar la función de Gpn1 eucariota sin el efecto pleiotrópico que representa la deslocalización de la RNAPII.

Jueves 28 de abril del 2016, 13 hr
auditorio del IF

Ponente: Dra Georgina Garza.
Procedencia: Facultad de Medicina, UNAM.

Resumen:

Las nitrilasas catalizan la transformación directa de nitrilos orgánicos a sus correspondientes ácidos carboxílicos con la liberación de amonio. Durante los últimos años hemos llevado a cabo un estudio enzimológico y estructural de la nitrilasa de Rhodococcus sp. V51B. Su alta especificidad por nitrilos, aromáticos y alifáticos, la hace un enzima con gran potencial biocatalítico. Los monómeros de la nitrilasa (36 kDa) se asocian en un dodecámero activo (460 kDa); sin embargo, la enzima es inestable a la dilución y su actividad específica depende de la concentración de proteína. A la fecha, se desconocen las determinantes estructurales de las nitrilasas que expliquen las preferencias por los sustratos, su enantioselectividad, así como su ensamble en oligoméros catalíticos. De acuerdo a los modelos estructurales que se han generado se sugiere que en las nitrilasas, la región del C-terminal está involucrada en las interacciones de las intercaras entre subunidades que participan en la formación de las formas oligoméricas de la enzima. A partir de la nitrilasa silvestre se generaron mutantes con codones de término en diferentes posiciones del C-terminal. La reducción en la longitud del C-terminal induce la formación de filamentos helicoidales estables e hiperactivos. Nos interesa explicar cómo se correlaciona la formación de filamentos con el proceso de activación enzimática, que parece es un fenómeno común a este grupo de enzimas.

Jueves 21 de abril, 13 hr
Auditorio del IF

Ponente: Dr. Ivan Guerrero
Procedencia: IF-UASLP

Resumen;

En la literatura de materia condensada suave existen diversos
estudios experimentales y teóricos que sugieren la posibilidad de
observar una atracción de largo alcance entre partículas
coloidales cargadas con el mismo signo bajo diversas condiciones, incluyendo
la presencia de iones multivalentes y/o confinamiento. Sin embargo,
hasta el momento no ha habido ningún experimento completamente
concluyente--con su correspondiente descripción
teórica y/o de simulación--que valide con absoluta certeza y explique
claramente el mecanismo que promueve este fenómeno en caso de existir.
En esta plática me gustaría contribuir al debate presentando
algunos resultados muy recientes de tipo experimental, de
simulación y de teoría que apoyan la existencia atracciones de
largo alcance mediadas por electrolitos monovalentes y divalentes
entre nanopartículas de oro funcionalizadas con DNA en solución acuosa.

Viernes 15 de abril, 13 hr
Auditorio del IF